Uåbnet pesto i et tætlukket glas eller lignende bør opbevares tørt og køligt, men køleskab er ikke nødvendig. Hjemmelavet pesto har en kortere holdbarhed end fabrikeret pesto. Efter åbning opbevares pesto i en tætlukket beholder i køleskab. Hvis man finder mug på pesto bør hele produktet kasseres. Ved frysning bør pesto opbevares i en tætlukket beholder.